日本航空自衛隊計劃未來引進共147架該戰機。防衛省就運用成本增加的影響表示“由於機體數和飛行時間等在各國有所不同，無法一概作答”，但自衛隊相關人士透露“一般來說飛機的運用都要向美國訂購零部件等，費用有所增加”，此事在日本似乎也將成為難題。
美國國會眾議院在9月下旬表決通過的2022財年國防授權法案中加入條款，要求國防部長給出運用成本的削減方案，若不能滿足一定標準就停止新的合同。雖然不清楚該條款經參議院審議後會否保留，但國會對F-35相關預算的警惕心很強。
出現上述情況的契機是美國政府問責局（GAO）7月公佈的報告。其中指出，F-35的修理和零部件採購對民間企業的依賴度較高，成本持續增加，“國防部未能勾勒出在預算範圍內運用F-35的戰略手法”。
報告的內容顯示，空軍版的F-35A去年估算每架運用成本較預算高出370萬美元。到F-35整體部署數量從目前約500架增至約1900架的2030年代中葉，一年的缺口總計將達約60億美元。
報告還對日本山口縣的美軍岩國基地和美國國內10處地點部署的F-35部隊實際情況進行了調查。缺少用於更換的零部件以及發動機修理反覆發生，F-35A處於可應對所有任務狀態的時間低於目標值的72%，實際僅為54%。報告援引美空軍相關人士等的證言指出，若不採取大幅削減成本的措施就無法壓縮到預算範圍內，“唯有減少購機數量或飛行時間”◆
