發行證明的智能手機APP當天上架，下載並操作APP，接種證明就會自動發行，可在手機屏幕上確認。數位廳負責運用該APP，設想主要用於即使發佈緊急事態宣言也不限制行動的“疫苗和檢測均可制度”。該APP名為“新冠疫苗接種證明書APP”。支援蘋果公司“iOS”和谷歌公司“安卓”系統。在操作APP申請證明的過程中，需用智能手機讀取個人編號卡，輸入領取編號卡時設定的4位數密碼。目的是防止他人冒充。手機屏幕上會顯示接種次數、接種日期、疫苗廠商、生產批號等。二維碼、姓名、出生日期可隱藏。在進入餐飲店或活動會場等時，出示該頁面或通過專用設備讀取二維碼。
顯示的資訊是基於登記在疫苗接種記錄系統(VRS)上的個人接種資料。可能會出現部分資料登記有誤或頁面顯示錯誤資訊等情況。電子證明為國際規格，因此在出境目的地的檢疫窗口等處也可使用。但與面向國內時不同，需在APP上另外進行讀取護照信息等設定◆
