有關檢測的內容有兩頁，對海外運動員和官員在旅行前、抵達日本後、奧運會期間和離開日本時的檢測做了詳細的規定。另外，根據運動員和官員的參賽地點、居住地點和身份不同，設立了多個不同的檢測級別，譬如在東京的參賽者將每天接受一次檢測，對於那些不太可能密切接觸運動員的參會者，只需要每4天接受一次檢測。關於處罰的內容也大大增加，從之前的幾句話增加到了兩頁。對於違反規定者的處罰，第二版只是說：“可能影響你繼續參加奧運會。如果拒絕檢測，可能會被取消參賽資格。”新版防疫手冊有了比較詳細而嚴格的規定，把處罰分為幾種：警告、暫時或者永久撤銷註冊資格、取消比賽資格、罰款等等。
不過，處罰措施中並沒有東京奧組委首席執行官武藤敏郎在上週新聞發佈會上透露的“驅逐出境”一項。東京奧組委奧運舉辦統管中村英正在當天的發佈會上說，“驅逐出境”是日本政府的規定，主要針對那些極端的行為，譬如可能影響到公眾或者其他人安全的嚴重違法行為。第三版防疫手冊增加的內容還包括對防疫機構設置做了詳細部署，譬如設立傳染控制中心，專門負責確認陽性感染病例或者確認密切接觸了陽性病例的人員，控制中心由東京奧組委直接主管。另外手冊中還顯示，國際奧委會將設立協助機構，而日本政府負責對接公共醫療機構。第三版防疫手冊針對的是各國和地區參加奧運會和殘奧會的運動員和官員，手冊規定的防疫措施從7月1日開始施行。針對國際體育組織參會人員和媒體人員的防疫手冊將在晚些時候單獨發佈◆
