據當地媒體透露，新的防疫手冊將運動員出發前的檢測有效時間從原來的72小時延長到了96小時。另外據共同社報導，運動員和教練等參會人員入境後將每天接受一次檢測，而根據去年12月公佈的防疫手冊，檢測將隔4到5天進行一次。據透露，新的防疫手冊還規定，運動員在入境後的14天內，如果活動範圍僅限於奧運村、比賽或者訓練場館，就不需要接受強制隔離，可以進行訓練和比賽。對於國際奧委會、各國或地區奧委會、國際單項體育組織以及媒體工作人員的防疫措施，也有新的變化，這些人員入境後的前３天，每天都將接受一次檢測，之後將根據他們與運動員接觸的程度決定檢測次數，大約隔4到7天不等。這些人員只要通過檢測，並且限制與公眾的接觸，也不需要隔離，可以儘快展開工作。
不過，這些看似嚴格的防疫措施有很大的漏洞。首先，世界各國和各地區的疫情情況不同，防疫措施和技術水平也有很大差別，很難保證運動員在出發前提供的檢測證明的有效性和真實性；其次，由於國際奧委會和東京奧組委此前要求運動員最多只能在比賽前5天入境，而5天內無法保證能確認運動員是否已經感染，例如日本男子摔跤隊一名運動員上週在哈薩克斯坦參加完比賽後，入境時檢測結果為陰性，一個星期後再次檢測卻成為陽性；第三，短時間內1萬多名運動員以及更多的媒體工作人員和其他參會者入境，日本是否具備這樣的檢測能力也令人懷疑◆
