08/09賽季是穆勒第一次幾乎要離開拜仁，他說道：“當時克林斯曼無法使用我，我也就接近轉會。霍芬海姆想要我，他們踢出了一個瘋狂的上半賽季，在進入冬歇的時候與拜仁平分。” 當時穆勒基本上都在拜仁二隊踢球，最終經濟因素阻礙了他的轉會。
穆勒：“但最終還是關係到轉會費的問題大概就幾十萬。最後是格爾蘭非常努力地留住了我為了俱樂部，也為了他自己，因為他想把我留在二隊。” 在19/20賽季科瓦奇執教期間，穆勒曾一度連續7場比賽沒有進入首發名單，他也因此在當年的冬窗期考慮轉會以尋求新的挑戰。不過他並沒有責怪科瓦奇：“我從未和教練發生過矛盾，教練可以按照自己的想法做出決定。” 穆勒解釋自己只是不想一直當一個替補，他表示：“因此我當時顯然感到坐立不安。”不過很顯然在科瓦奇於2019年下課之後，穆勒在拜仁再一次有了更多的出場機會◆
