北海道政府表示，在現場海域發現的4種浮游生物中，最多的是鞍形凱倫藻。熟悉赤潮的東京大學研究生院農學生命科學研究科副教授岩瀧光儀(系統分類學)表示，這是首次在日本發現由這種浮游生物引發了赤潮。
在西日本引發赤潮的米氏凱倫藻在20至25度的高水溫下容易增殖，但此次的鞍形凱倫藻被認為對低水溫有耐性。氣象廳表示，北海道太平洋一側20日的海水溫度為13至15度。在俄羅斯堪察加半島，去年在海水溫度約11度的情況下也發現了赤潮。
雖未鎖定此次赤潮的發生原因，但北海道大學的研究團隊從日本宇宙航空研究開發機構(JAXA)的衛星數據，分析了海中浮游植物的量，結果發現9月4日在北方四島的擇捉島近海確認的浮游生物可能最晚在10月9日流入了北海道東部近海◆
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