合作侦查本部表示，将凭藉国家侦查本部的侦办经验和能力、公调处的法律专业性和逮捕证提请权、国防部调查本部的军事专业性等优势，相互有机合作，消除因重复侦查造成的混乱和低效问题。警方和公调处也表示，不管对象的地位高低，将与合作侦查本部一道，迅速彻查本次事件的真相，不留一丝疑点。
目前，戒严事件的调查部门大致可分为警方、检方和公调处三处，若加上军检和军警，可达五处，因此出现重复调查等问题。合作侦查本部成立后，调查戒严事件的机构主要包括检方和合作侦查本部两家。目前不排除合作侦查本部日后与检方共同调查该事件的可能性◆
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