然而，取消建筑许可证也为建筑管理带来许多挑战。
工程监管将更加困难
在取消许可证后，对新建工程监管工作将更加困难。都市区域可能出现不符合规划的自发建筑。因此，需管控占用公共土地或违反河流、绿地等保护区的建设情况。
不做好施工前监察工作可能导致工程不符合环境标准，例如：没有污水处理系统或造成噪音污染。在人口密集、基础设施的负荷已达临界点的大都市中，这种情况尤其严重。
建筑许可证的主要功能之一是确保建筑物的设计和建造符合技术安全标准。取消许可证可能导致建筑物的设计、建材质量或施工技术没有经过审定。这会增加意外事故、燃爆事故或结构损坏的风险，从而造成人命和财产损失。
建筑许可证有助职能机关容易在施工期间监管和检查建筑物。若没有许可证，违规行为查处工作将变得更加复杂，尤其是在建筑物竣工后。管理机关将需要投入更多资源进行定期检查及调查、处理违建行为。
这不仅造成财政预算压力，也降低管理效率。此外，缺乏建设前监管机制可能造成“既成事实”的情况，当违规工程完成后，强制拆除会引发法理争议和冲突情况。
担心未来的争议和后果
实际上，许可证是重要的法理文件，确认投资者在具体的土地上拥有建筑权。若取消许可证，关于土地使用权或建筑物所有权的纠纷可能增加。例如，在土地尚未办理所有权证书或界线存在争议的情况下，未经审定的建设可能会导致长期诉讼或影响周边工程。
若取消建筑许可证，可能给房主和其他许多人带来不良后果，尤其是在他们缺乏关于规划、路界、排水渠等资讯的情况下。取消建筑许可证可能加剧社会不平等。财力雄厚的人可以容易地建造大型工程，并略过一些规定。同时，贫困或缺乏法律知识的人可能无意中违反法律，并遭受严重后果◆
简化手续：需要５个对策
为了应对取消建筑许可带来的挑战和风险，需采取替代方案，以既能简化手续，又能确保管理效率。这些方案需同步实施。
1.以建筑申报制度取代许可制度。政府可要求民众申报施工计划并提供设计图。职能机关将在短时间内检查其合法性并提出意见，从而减少手续，但仍确保监管效率。
2.加强监管技术；使用如GIS地图、卫星影像或无人机等技术来监管建筑活动，有助及早发现不申报或不符合规定的工程，从而减轻清查队伍的压力。
3.提高民众对无需建筑许可的建筑法规遵守责任的认识。需加强宣传关于建筑规定、安全标准和都市规划，让民众自觉遵守。在广泛实施之前，需在一些地方试行。
4.应用技术于土地资讯系统建立工作，例如：展示规划（实施详细规划、同步规划后）、路界、面积、土地现状等资讯。同时，创造条件，让民众能够容易地获取这些资讯，从而主动进行建设登记。
5.加大处罚力度。对于违规行为，需采取强有力、一致的处罚措施，以足以起到警诫的作用，同时确保处理公平。当然，除了事后检查外，也需做好区域管理和确保监管透明性。
