28日峰會一度就難民問題達成協議，但由於剛剛上任的意大利總理孔特突然發難，拒不接受協議內容，與會首腦只得從28日工作晚宴起，通宵達旦就難民問題展開談判。經過9小時的談判，29日凌晨4時30分，歐盟28國終於就一份旨在解決移民問題的協議達成共識。
意大利的要求得到了滿足。法國總統馬克龍29日解釋說，這個協議的目的是要更好地保護歐盟的邊界，強化接納移民的規定。他說歐洲的合作取得了勝利，峰會認定了我們必須向移民最先登陸的國家團結一致。
峰會公報顯示，歐盟各成員國最終同意與聯合國難民署、國際移民組織合作，在歐盟以外國家設立“地區登岸平台”，快速甄別確需收容庇護的難民以及僅僅為了改善生活狀況、不可“登陸”歐洲的非法移民。對於選址問題，公報僅以“相關第三國”籠統帶過。
此前媒體報導，鑒於目前湧入歐盟的難民主要來自非洲，歐盟傾向於在周邊的北非國家設立“地區登岸平臺”，突尼斯、摩洛哥、阿爾及利亞等國均在備選之列，從而就地將企圖偷渡歐洲的非法移民攔在門外。如果“漏網”的非法移民繼續從海上偷渡，進而被歐盟救回境內，公報稱歐盟各成員國同意在自願的基礎上建立“控制中心”，屆時這些移民將被轉入“控制中心”接受甄別，非法移民被遣返出境，確需庇護的難民則會得到安置。
完成艱苦的“馬拉松談判”後，近來因難民問題備受壓力的德國總理默克爾稱，難民問題是目前歐盟最棘手的問題，“我們達成協議是好消息”，但對難民問題持強硬立場的奧地利總理庫爾茨表示，29日的協議絕不會“一勞永逸”地解決難民問題，“歐盟現在還有許多非常不同的看法”。此外，歐盟移民協議還要求各成員國採取一切必要措施，避免在其國家登記的移民流動到其他國家。德國是許多移民的目的地，德國輿論在此問題上對總理默克爾提出嚴厲的批評。德國內政部長威脅要採取單邊行動將移民遞解出境。
意大利總理孔特對這個協議表示滿意。他表示，現在意大利不再孤軍奮戰。28日他一直威脅稱如果歐盟其他國家不分攤意大利的移民壓力，就不簽署這個協議。德國總理默克爾並沒有表現出太多的高興，她稱這個協議是積極的，但是她同時強調歐盟內部的分歧繼續存在。
2015年受非洲和中東地區戰亂影響，歐盟爆發難民危機，自此難民問題持續困擾歐盟。各成員國因難民分配方案爭吵不休，匈牙利等國甚至與歐盟“對簿公堂”，另有一些歐盟成員國的右翼民粹主義政黨利用難民問題拉攏選民，助推本國排外思潮。進入今年6月後，歐盟難民問題再度成為輿論焦點。
6月9日，解救乃至接納600多名移民的一艘法國民間救援船試圖在馬爾他或意大利靠岸，卻遭兩國拒絕，被迫在海上滯留多天；6月22日，救起230多名移民的一艘德國民間救援船又被馬爾他和意大利拒絕停靠，直至26日才被柏林市政府接納。
根據歐盟《都柏林公約》，外來移民只能在入境歐盟的第一個成員國申請庇護，而這個成員國必須承擔接待、資格審核等工作◆
