日本人最愛吃的一些魚種捕獲量也銳減，例如秋刀魚比10年前少九成，日本飛魷魚少八成，三文魚少六成。針對捕獲量減少，日本水產廳專家委員會分析，“可以考慮的因素多，但全球變暖導致海水溫度升高和洋流變化是一大原因。”北海道是日本最大的漁場，當地大學聯合海洋研究機構提出氣溫數據指出，7月份，日本海北部和北海道東南部的海面溫度，比正常高出2至4攝氏度左右。據報導，北海道面向太平洋沿岸在九月發生大規模赤潮，已造成約2.77萬條鮭魚和約2700噸海膽死亡。
日本漁業團體對氣溫變化極度擔憂，各地漁民都召開應對會議，探討這個影響生計的課題。海洋溫度升高影響產量，迫使日本漁業必須積極走向不受海洋氣溫影響的“人工養殖”。據報導，全球包括淡水的水產養殖產量在過去20年裏已翻了兩倍，超過總漁業產量的50%，但日本目前只有20%是人工養殖。
另據日本共同社報導，日本水產廳10月時決定，為打擊偷捕，關於向水產品分配編號管理商家之間交易的新管制對象，決定列入海參、鮑魚、日本鰻的“鰻苗”這3類水產品◆
