3 月中，由於有數起案例在施打疫苗後產生血栓問題，歐洲許多國家紛紛停止 AZ 疫苗施打。歐盟地區與英國約 2 千萬人施打 AZ 疫苗，出現 25 例嚴重血栓與血小板數降低現象並造成 9 人死亡。雖然歐洲藥品管理局（EMA）尚未證實這些案例是否與 AZ 疫苗有關，但各國已經相繼停止施打 AZ 疫苗。
目前非常難在短時間內確認施打疫苗後發生的各種生理影響究竟是否疫苗造成。考量到一邊是疫苗的風險與發生少見不良反應的可能，另一邊是新冠肺炎疫情可能造成的嚴重疾病，公共衛生管理單位向大眾說明時需謹慎拿捏好平衡性。學者擔憂這些案例可能助長反疫苗運動，讓某些群體施打疫苗的意願降低。但未能確立疫苗造成的副作用前，在這段可能長達數年的時間內，又不應忽視疫苗造成某些嚴重副作用案例的機率。
有相關性並不等於成因
為了研究患者的不良反應是否與施打疫苗有關，最理想的方式便是透過實驗測試。但大多數不良反應沒有適合生物指標可供測試，或難以實行。很多時候患者注射疫苗後數日甚至數週才產生不良反應，因患者產生不良反應的時間難以掌握，因此也使研究更困難。由於實驗測試難以執行，研究者選擇退一步以施打後產生不良反應的比例與未施打疫苗的群體比較，並著手調查造成不良反應的可能生理機制。
前例：H1N1 疫苗副作用之謎
2009 年 H1N1 流感疫情爆發時，就曾發生施打疫苗後有高於平均的案例出現猝睡症。公衛單位鎖定疫苗增強身體免疫反應的佐劑成份，懷疑佐劑可能引發意料外的免疫反應導致猝睡症。後來的確有初步研究指出 Pandemrix 疫苗可能導致特定年齡層猝睡風險增加，但 H1N1 疫情過了１０年多，至今科學家仍未能完全確定疫苗與猝睡有直接關聯，也有科學家認為猝睡並非單純只與疫苗佐劑本身有關。
有趣的是，研究者在7個同時有施打 Pandemrix 疫苗與另外兩種也含有佐劑的 H1N1 疫苗的國家統計分析，發現只有原先通報猝睡問題的瑞典，有特別顯著的猝睡症狀通報。
雖然在特定幾個國家的確有疫苗與猝睡症風險呈現正相關，但目前兩者間的聯繫是什麼機製造成仍不清楚。有可能是因為 Pandemrix 疫苗與 H1N1 病毒本身產生預料之外的交互作用導致，但尚未能下定論。
極少見的不良反應很難在臨床測試階段被發現
目前上市流通的新冠疫苗在政府頒發核可之前都經過數千人規模的臨床試驗，確認效力與可能的不良反應，如注射部位疼痛或頭痛等情形。
儘管進行過大規模臨床測試，但有些極少見的副作用，可能 1 萬人中也不一定會發生一次，很難在臨床試驗的有限樣本數就發現這類型副作用。現在全球幾千萬人正接受疫苗施打，一些極少發生的副作用也會因樣本數增多而漸漸被發現，例如嚴重過敏反應或血栓等。現在重要的是著手研究這些反應是否與疫苗相關。
由於輝瑞─BioNTech 疫苗與莫德納疫苗兩種 mRNA 疫苗的施打過程約每百萬人便會發生３至５例嚴重過敏案例，又以女性與有過敏史的患者為主，因此美國國家過敏和傳染病研究所目前開始進行臨床試驗，調查 mRNA 疫苗是否造成過敏反應風險提升。
美國免疫學家 Stacie Jones 著手研究較有過敏史的人，與一般人施打疫苗後發生嚴重過敏症狀的比例。她表示，發生過敏反應機率非常低，但如果在條件控制良好的研究，發現疫苗的確引發過敏反應，那麼研究者就能更確切了解疫苗的風險，對不同族群提出適合建議。
歐洲藥品管理局也決定調查少數案例施打 AZ 疫苗後發生血栓症狀的原因。但與此同時，包含澳洲等一些國家，已決定將疫苗加上警語，並禁止有特定情況的人施打疫苗。
建立疫苗安全管控系統
各國公衛單位需要透過如 WHO VigiBase 等資訊回報平台，追蹤疫苗可能的副作用，許多國家也擁有各自系統，讓大眾與醫療人員回報施打疫苗後發生的狀況。
但這種系統只是設計管控及察覺疫苗不良反應，並不能找到造成不良反應的真正原因。在沒有設計良好測試條件與控制組比較並追蹤的狀態下，沒辦法了解關聯。
若想更了解疫苗的安全性，就必須建立主動管控疫苗反應的系統，以此收集正常狀況下與疫苗施打後產生不良反應的數據。例如美國疾病管制與預防中心（CDC）正透過疫苗安全數據鏈收集國內 9 家醫療照護單位的資訊。科學家也呼籲建立跨國疫苗管控系統，讓各國衛生單位更快速分享資訊，加速確認疫苗是否造成特定不良反應。
疫苗管控系統及臨床試驗不只能幫助確保目前新冠疫苗的安全性，也有助日後疫情持續或減緩後，幫助衛生單位了解補強接種或每年接種的安全性◆
