作出警告
導致這些藥房不連接的原因很多：若干藥房營業效益不佳，所以有意在未來期間歇業；有些藥房擔心聯網後會受到更嚴密管控，沒有單據的藥物和藥房資訊被洩露等，影響經營一事。第五郡T.H藥房負責人告知，藥房已營業多年，後來因為家裡有事而暫停營業一段時間。但在恢復營業後，很多熟客已轉向其他藥房，以致營業額受到影響。
如今，許多藥房新開，尤其是大型藥房連鎖店由於大批進貨，所以價格折扣多，從而有更多優勢。他正在考慮要歇業，故沒有聯網。另一家Y.N藥房出資人表示，他之前請別人代為企名開藥房並給自己診所的病人賣藥。這家藥房營業已兩三年，但在開展聯網時，由於工作繁忙，他便委託企名人也是藥房藥劑師到衛生廳辦理聯網手續，但此人卻認為這不屬於自己的工作範圍，所以不辦理。藥房的成本大而利潤不多，加上要聯網，所以他決定停業。
杜文勇科長指出，醫療部門已為本市各家藥房進行一至兩次培訓以開展聯網軟件，有的藥房接受了三次培訓。此外，在大眾傳媒以及市衛生廳的網站上都有公佈該項主張，但很多藥房仍漠不關心。完成藥品經營數據連接路線圖（今年3月31日）後，市衛生廳已對各家藥房進行事後檢查，尤其是如：古芝、平政、福門等藥房連接率還低的郡、縣。起初，衛生廳已對近20家尚未聯網的藥房進行事後檢查並轉為監督，確立違規行徑以制定處理方案。衛生廳將會在官方網站上公開此結果以作出警告。
市衛生廳領導也稱將根據統計數據而傳召尚未聯網的藥房進行處理。如果這些藥房沒有合理的正當理由，將要求他們停業直至聯網後才可以恢復營業。在尚未連接數據的藥房中也有若干藥房自行編寫程式，沒有使用軟件公司的程式。這些藥房必須等待能與衛生部的國家藥品數據程式連接。以上是客觀原因。至於藥房方面的主觀原因，衛生廳將通知並要求他們停業。
避免來歷不明和劣質藥品
按規定，所有藥房都要連接，與國家藥物數據互通，以便醫療部門管理零售藥品市場。一旦藥房聯網，管理機關將有充份資訊，可以避免來歷不明和劣質的藥品進入系統。軟件還有助加強管理開處方以及銷售處方藥，其中必須終止在沒有醫生處方的情況下出售抗生素的現象。
此外，各家藥房也能夠從經營以及專業角度來管理藥品買賣活動，例如入貨、出貨、跟進庫存、計算虧損或利潤、儲備藥物、跟進藥物的有效期和數量、建立價目表、條形碼、製作要特別監控的藥品的報告、回收藥品等。該軟件還是管理機關與藥房的雙向資訊交換。3年後，管理機關檢查GPP標準一次，要是不能通過即意味著衛生廳會撤銷GPP標準認證。在此階段進行聯網是要獲得GPP標準認證的條件之一◆
有69家軟件供應商可選擇
杜文勇科長告知，目前已有69家公司提供軟件，所以各家藥房有權根據本身的管理需求來選擇供應商。每個軟件都滿足到衛生部的標準。除了依規定強制的數據標準外，這些軟件可根據藥房的需求、規模來提供其他實用功能。
之前，Viettel向與該公司軟件連接的藥房每月收取15萬元，每年180萬元的服務費。後來出現其他供應商後，Viettel開始減價，在聯網的頭3個月免費使用，而且每半年收費一次。若干公司還提供免費使用一年，往後收取半費（每月7萬至8萬元）。這是非常合理的價格。
