日美兩國政府提出目標稱在協定生效後4個月內完成旨在確定“第二輪談判”涉及領域的預備性磋商。美國力爭達成包含服務貿易及規則領域的全面自由貿易協定(FTA)。日本打算繼續要求撤銷汽車及相關零部件關稅，談判走向成為焦點。
美國產牛肉的關稅在協定生效後將立即從38.5%變為26.6%，最終將降至9%。豬肉4.3%的高價格段關稅最終將降至零。乳酪方面，切達、豪達等品種將從目前的29.8%階段性降至零。葡萄酒關稅最終也將撤銷。TPP認可的大米免稅額度不會設置。
日本對美出口方面，空調零部件的1.4%關稅將立即撤銷。被稱為加工中心的機床關稅將在生效第二年撤銷。國產牛肉目前允許採用一年僅限於200噸以每公斤4.4美分的低關稅 ，而今後將大幅擴大。
此次的協定雖然避免了對日本車加徵關稅及數量限制，但在野黨在國會批評稱汽車關稅未能撤銷，這是不平等協議。在參院全體會議表決前的討論中，自民黨的山田宏主張稱，對日本車“不加徵關稅得到確認具有重大意義”。另一方面，國民民主黨的羽田雄一郎指出其“內容完全敗北”，反對批准協定。日美數字貿易協定也同時獲得批准。日本首相安倍晉三與美國總統特朗普當地時間9月25日在美國紐約舉行會談，就締結貿易協定達成最終協議並簽署文件。日本共同社此前發表評論認為，日美貿易協定未能撤銷對日本產汽車和相關零部件的關稅，生效後給日本工業帶來的好處預計十分有限◆
