本次公投共設“同意”“反對”及“不好說”三個選項。有資格投票總人數為115萬，投票率為52.48%。公投結果顯示，反對票近43萬4300，大幅超過其他兩個選項，約佔有效票數的72.2%。本次公投結果不具法律約束力。根據沖繩縣民投票條例相關規定，由於投反對票者超過有資格投票總人數的四分之一，沖繩縣知事玉城丹尼應向日本首相安倍晉三及美國總統特朗普通報公投結果。玉城25日就公投結果表示，希望中央政府瞭解沖繩縣民堅決反對在邊野古填海造陸的民意，馬上停止在該地區施工，並強烈要求中央政府就早日關閉、歸還普天間基地與沖繩縣展開對話。
安倍則表示將認真接受此次公投結果，今後將努力減輕沖繩地方負擔。但他同時強調，基地搬遷問題不能再拖下去，政府將繼續與沖繩縣加強對話，希望得到沖繩縣民的理解。
近期，日本內閣官房長官菅義偉等多次強調，搬遷計劃是消除普天間基地危險性的唯一解決方案，顯示出中央政府堅持原有搬遷計劃不變及推進新基地建設的立場。日本媒體指出，中央政府若不顧多數人反對的公投結果，執意繼續推進新基地施工，可能招致沖繩當地民意進一步反彈，甚至可能對定於7月舉行的國會參議院選舉等選情產生影響。
美軍普天間基地位於沖繩縣宜野灣市，由於靠近居民區，一直備受詬病，日美政府此前同意將其搬遷至該縣名護市的邊野古地區。沖繩民眾對此強烈反對，希望能將該基地徹底遷出沖繩◆
