通常，我們吃的是乾的黃花菜。但有不少地方，特別是黃花菜的產地，有人講求鮮，喜歡吃鮮的黃花菜。然而，鮮的未必就是好的、安全的。這是因為鮮黃花菜中含有一種毒素，吃後可能會引起食物中毒。 黃花菜的花和根中都含有一種有毒生物鹼，通常認為是秋水仙鹼。它能抑制細胞有絲分裂過程，使染色體停留在分裂中期，在細胞學和育種學上很常用，它還具有抗炎作用，是治療痛風等疾病的常見藥物。
最近的一篇研究指出黃花菜中的生物鹼並非秋水仙鹼。論文作者採集了150多份食用黃花菜樣品進行檢測，都沒有檢測出秋水仙鹼，而是檢出了與秋水仙鹼結構相似的另一種生物鹼。作者認為一直以來人們普遍認為黃花菜中的生物鹼是秋水仙鹼，可能是檢測條件不發達所造成的誤判。 不過，無論黃花菜中的生物鹼是不是秋水仙鹼，它能引起噁心、嘔吐、腹痛、腹瀉等胃腸道刺激症狀的事實是毋庸置疑的，因此食用鮮黃花菜中毒的事件不在少數。
要想既享受黃花菜的美味又避免中毒，就需要瞭解吃黃花菜的正確方法。
1.新鮮黃花菜吃之前最好去掉花蕊，因為花蕊中所含的毒素最多。
2.鮮黃花菜吃之前，應先清洗乾淨，然後焯一下熱水，再放到涼水中浸泡幾個小時，並且充分炒熟煮透，這樣就能夠去除其中的毒素，從而避免食物中毒。
3.吃乾黃花菜更保險。乾黃花菜雖不如新鮮黃花菜好吃，但黃花菜乾製過程可以破壞其所含的毒素，因此吃起來更放心◆
